Mlyn novokrstencov nazývaný aj Horný je jednou z najvýznamnejších dominánt dvora novokrstencov v Sobotišti. Po svojom príchode do Sobotišťa odkúpili v roku 1546 nedostavaný objekt mlyna od zemana Klimenta Pappa. V tom čase bol súčasťou pustého majera, ležiaceho mimo územia obce. Následne v ňom hospodárili vyše štyri storočia. Po zániku mlyna v bratskom dvore vo Veľkých Levároch sa stal posledným zachovaným habánskym mlynom na Slovensku.
Novokrstenci v Sobotišti vlastnili tri mlyny. Prvý sa nachádzal priamo v bratskom dvore (Horný mlyn), ďalej to boli mlyny na Doline a Trávnikoch. Horný mlyn bol vodným mlynom s horným náhonom. Mlynský náhon je orientovaný pozdĺž západnej fasády, kde sa nachádzali drevené kolesá. Mlynský náhon bol vytvorený odrazením potoka Malina. Voda bola k mlynu privedená pomocou vantrokov, alebo umelým kanálom. Pozostatky náhonu sa dodnes zachovali v tesnej blízkosti obvodového muriva mlyna.
Dnešný exteriérový vzhľad mlyna je výsledkom prestavby z roku 1739. Z tohto obdobia si zachoval aj dispozičné členenie vnútorných priestorov a nosné drevené prvky. Mladšia úprava prebehla v roku 1816. Vročenie 1850 uvedené v interiéri na múčnej hrade a súvisí zrejme s obnovou technologického vybavenia.
Mlyn bol v spoločnom vlastníctve obce novokrstencov, ktorá ho prenajímala a zisk bol odovzdávaný do spoločnej pokladnice. Posledným nájomcom mlyna bol potomok novokrstencov Štefan Baumgartner s manželkou Antóniou. Po zoštátnení v 50. rokoch 20. storočia bol mlyn čiastočne využívaný ako sklad a stolárska dielňa. Zásadnejšie stavebné úpravy v 20. storočí neboli už po roku 1945 vykonané. V roku 1963 bol vyhlásený za Národnú kultúrnu pamiatku, objekt však nebol využívaný a chátral.
V roku 2000 bolo zrealizované základné statické zabezpečenie objektu a formou kópie nová konštrukcia krovu. V rokoch 2019 -2020 sa s podporou eurofondov uskutočnila komplexná pamiatková obnova mlyna pre účely múzejnej expozície.
