Die Brüder vom Bruderhof in Sobotište fanden die Zuflucht vor den herannahenden Betlen-Truppen unter der Burg Branč. Bei einem Brand in dem Schloßgrund im Oktober 1623 wurden die Dinge im Wert 1000 Gulden verbrannt und 31 Brüder starben. Einige Tage später kamen die osmanischen Soldaten im Diensten der Aufständischen nach Sobotište an, die zwei 14-jährige Mädchen wegschleppten und drei Pferde nahmen. Von April bis Juni 1624 operierten Tausende polnischer Soldaten an der mährisch-slowakischen Grenze. Die Brüder, sowie andere Bewohner, verließen ihre Wohnungen. In der Nacht vom 12. Juni 1624 griffen die Soldaten ihr Lager unter der Burg Branč an. Die relativ ruhige Zeit dauerte bis 1645, wenn Juraj Rákoci mit seinen Truppen zweimal in der Nähe von Sobotište lagerte. In beiden Fällen kostete es die Brüder viel Brot, Wein und Bier. Nachdem die Soldaten weggegangen waren, verbreitete sich die Pest, daran am Ende 1645 viele Menschen starben. Ebenso mussten die Brüder im Juni 1661 deutsche Soldaten ernähren, die über die Berge zogen. Nach Schätzungen kostete sie nur der militärische Schutz mindestens 150 Gulden.
Zwei Jahre später, während der Belagerung der Festung von Nové Zámky, unternahm ein Teil der osmanischen Truppen Raubüberfälle, bei denen sie am Anfang September 1663 in Záhorie einfielen. Am frühen Morgen des 4. September 1663 fielen sie die Stadt Sobotište und der Bruderhof über. Sie nahmen 24 Menschen gefangen und 8 wurden dabei getötet. Die Brüder verloren alle Getreide und Mehl. Sie nahmen zusammen 122 Menschen von allen Bruderhöfen in der Slowakei gefangen. Nur 3 wurden befreit.
Neben Soldaten zerstörten den Bruderhof auch mehrere Überschwemmungen und Brände. Die älteste in den Chroniken verzeichnete Überschwemmung betraf die Neo-Baptisten im Jahr 1630. Ein alter Bruder starb dabei. Sechs Jahre später brannte der ganze Bruderhof nieder. Das Elend war so groß, dass die Ältesten vorschlugen, Sobotište zu verlassen und sich in kleineren Gruppen unter den anderen Bruderhöfen aufzuteilen. Sie teilten allen Besitzern des Gutes ihre Entscheidung mit, die sie aufforderten, zu bleiben. Sie leisteten ihnen Hilfe und befreiten sie für zwei Jahre von allen Gebühren und Pflichten. Mit Hilfe von Brüdern aus anderen Bruderhöfen wurde der gesamte Hof für den Winter 1636 fast wieder aufgebaut.
In den 60er Jahren des 17ten Jahrhunderts waren fast jährliche Militärausgaben sowie auch die verheerenden Überschwemmungen von 1672, 1675 und 1678 die Hauptursachen für den Übergang von der gemeinsamen zur privaten Landwirtschaft. Der völlige Verfall des Gemeindemanagements in Sobotište erfolgte in der ersten Hälfte der 90er Jahre des 17. Jahrhunderts.
