Die Neo-Baptisten nahmen ihre Bruderhöfe in einem biblischen Geist wahr, nach dem Vorbild der frühen Christen, wo sie alles gemeinsam hatten, ein Herz und eine Seele waren. (vgl. Apostelgeschichte 2: 44; 4, 32). Die mehrstufige hierarchische Organisation der Neo-Baptisten finden wir im Schleitheim-Bekenntnis vom Jahr 1527. Im Jahr1540 definierte Peter Riedemann die Pflichten und den Status der Diener im Bekenntnis Rechenschaft. Im Rahmen von dem Dienst und gleichzeitig der Verwaltung waren die Apostel oder Boten (Sendboten) an den höchsten Stellen. Ihnen folgten die Bischöfe und die Verwalter (Vorsteher). Die Diener des Wortes halfen ihnen mit dem Unterricht und der Predigt. Materielle Bedürfnisse und Angelegenheiten wurden von Diener der Notdurft behandelt. Allen diesen Dienern standen die Ältesten zur Verfügung, die von reifen und der Gemeinschaft respektierten Männern bestanden.
Nach dem Jahr 1622 fanden fast jedes Jahr in Sobotište die neuen Wahlen von Dienern statt, die unter den bewährten Männern auswählten. Zuerst, in der Regel, nur für eine Probezeit, die ein oder zwei Jahre dauerte und erst wenn er sich im Dienst bewährt hatte, wurde er zum Diener des Wortes ausgewählt, mit dem Ritual der Handauflegungen der Ältesten. Alle Bruderhöfe bildeten zusammen eine Gemeinde, die vom Bischof (Vorsteher) verwaltet wurde. Wie andere Diener wurde auch der Bischof auf Lebenszeit ernannt. Sollte einer von ihnen seine Mission falsch darstellen, wurde er abgesetzt. Der Bischof war der oberste Richter, Administrator, Führer und Aufseher aller Neo-Baptisten. Er kommunizierte schriftlich über Botschafter mit den anderen Höfen, oder direkt bei den gemeinsamen Sitzungen.
Im Vordergrund von jedem Bruderhof stand ein gewählter Geistlicher, der als Diener des Wortes (Diener am Wort, Diener im Wort) oder als Diener des Evangelions bekannt war. Jeder von diesen Dienern war in einem Handwerk ausgebildet, das er auch nach seiner Ernennung zum Diener ausführte. Der Diener des Wortes wurde von den Dienern der Notdurft unterstützt, mit denen sie die wirtschaftlichen Angelegenheiten des Hofes koordinierten. Die Mission der Diener der Notdurft entsprach den Diakonen in den frühchristlichen Gemeinden.
Die Grundlage des neo-baptistischen Glaubens ist die Taufe von Erwachsenen, dafür sie sich freiwillig entschieden haben, sie anzunehmen. Die Taufe wurde nicht als Sakrament wahrgenommen, sondern als Symbol, das die Haltung des Nachfolgers Christi, zum Ausdruck gab. Die brüderliche Gemeinschaft und die im Alltag angewandten neo-baptistischen Prinzipien waren eine natürliche Fortsetzung der Taufe. Das Abendmahl Jesu war der Höhepunkt dieser Lebenseinstellung. Die schwerste Strafe war die Ausschließung aus der Kirche und der Gemeinschaft. Das Ziel war es, der Schuldige zum Bedauern zu bringen. Die Liturgie der Neo-Baptisten bestand aus Singen, Lesen der Bibel und Predigen. Durch die Rekatholisierung der Anabaptisten ist diese gesamte Struktur verschwunden.
