Am 29. Juli 1546 kauften die Neo-Baptisten in Sobotište eine erbaute Mühle zusammen mit einem Herrenhaus vom Landsmann Klement Papp. Aus den neo-baptistischen Chroniken geht hervor, dass die Neo-Baptisten vor dem Jahr 1546 aus Mähren nach Sobotište kamen. Die Brüder mussten aufgrund des Gesetzes vom Jahr 1548 das Land verlassen. Der Grundherr des Branč-Gutes František Ňári gewährte ihnen bis zur Grenze zu Mähren militärischen Schutz. Da das Gesetz über Aufnahme von Neo-Baptisten auch in Mähren gültig war, lebten sie fünf Wochen lang mit den vertriebenen Brüdern aus Bakič – Gut in den Wäldern bei Rohatec zusammen. Noch vor der erzwungenen Abreise der Brüder aus Sobotište kaufte F. Ňári von den Neo-Baptisten zwei Drittel der Mühle.
Es scheint, dass nach der Vertreibung der Neo-Baptisten im Herbst 1548 das königliche Mandat nicht mehr angewendet wurde und die Neo-Baptisten kehrten nach einigen Monaten allmählich zurück. Im Jahr 1551 werden sie wieder in Sobotište erwähnt. Die Ergebnisse des Gesetzes über Vertreibung der Neo-Baptisten aus Königreich Ungarn im Jahr 1557 spürten die Neo-Baptisten aus Sobotište am 1. September 1557. Peter Diack (Deák) überfiel ihren Bruderhof, beraubte sie und warf drei Brüder ins Gefängnis. Die Brüder verließen Sobotište jedoch nicht. Sie taten so erst im Jahr 1581 und aufgrund von Konflikten mit den Grundherren – es gab 12 Mitbesitzer des Gutes – besonders mit Štefan Ňári. Sie benutzten sie, ohne für die Arbeit zu bezahlen. Wenn sie verweigerten, kostenlos zu arbeiten, schlugen sie sie. Der Streit wurde erst nach zehn Jahren beigelegt, wenn sich die Brüder auf Ersuchen von Grundherren nach Sobotište zurückkehrten.
Die Unfrieden und Plünderungen im Zusammenhang mit den Aufständen gegen die Habsburger und dem Dreißigjährigen Krieg wichen sich den Bruderhöffen nicht. Eines Abends im Jahr 1602 raubte eine Gruppe von Soldaten den Neo-Baptisten aus Sobotište Pferde und andere Dinge im Wert von 350 Gulden. In der Nacht vom 3. Mai 1605 überfiel Bočkaj-Gruppe den Bruderhof. Glücklicherweise gelang es allen, in den Wald zu fliehen, bis auf zwei Brüder, deren Soldaten getötet haben. Sie fühlten sich nicht mehr sicher im Wald und fanden daher in der Burg Branč ihre Zuflucht. Die Soldaten zerstörten fast den gesamten Bruderhof und so lebten die Brüder bis Juraj-Tag( Georg, gefeiert am 24. April) 1613 in dem Schloßgrund. Bevor die Neo-Baptisten nach Sobotište zurückkehrten, schlossen sie einen neuen Vertrag mit den Besitzern des Branč-Gutes.
Im Zusammenhang mit dem Gabriel Betlen- Aufstand und den Unfrieden in Mähren suchten Brüder von den zerstörten und geplünderten mährischen Bruderhöffen Zuflucht in Sobotište. Aber auch die Brüder in Sobotište waren nicht auf dem sicheren Ort. In Strážnice lagerten polnische Soldaten,die am 14. April 1621 unerwartet den Bruderhoff in Sobotište angriffen, wo sie die Häuser plünderten und mehrere Neo-Baptisten töteten.
Nach der Niederlage der böhmischen und mährischen Beständen wurde der Herrscher Ferdinand II. dem Herr der Lage und befahl allen Neo-Baptisten Mähren bis Ende Oktober 1622 zu verlassen. Sobotište wurde bis zur gewaltsamen Rekatholisierung in den frühen 60er Jahren des 18ten Jahrhunderts das neue Zentrum von Neo-Baptism.
