Die Einführung der privaten Landwirtschaft stellte den Niedergang und die Auflösung der Gemeinschaften dar, was durch die Bemühungen zur Rekatholisierung der Neo-Baptisten beschleunigt wurde. In der Slowakei war der erste Versuch im Jahr 1674 von dem Erzbischof von Esztergom Juraj Selepčéni. Seit dem Jahr 1725 versuchen spirituelle Autoritäten, die Brüder zur Taufe ihrer Kinder zu bewegen. Die Situation wurde im Jahr 1733 von dem Kaiser Karl VI. mit dem Mandat abgeschlossen, in dem er befahl, alle Neugeborenen der Neo-Baptisten zu taufen. Obwohl die Eltern ihr Kind in einer katholischen Kirche getauft hatten, erzogen sie es zu Hause in ihrem Glauben weiter und vielmals ließen sie das getaufte Kind erneut von ihren Vorsteher (Bischof) taufen.
Bei der Rekatholisierung setzte sich Maria Theresia mit einer Reihe von Maßnahmen gegen Neo-Baptisten fort. Die Brüder mussten den Stuhlvorsitzenden ihre Bücher und Unterlagen überprüfen lassen. Seit 1760 wurden die Jesuitenmissionare in die Bruderhöfe berufen und die Bewohnen waren dazu verpflichtet, an ihrer Katechese teilzunehmen. Die Brüder wandten sich an die Monarchin mit der Bitte um Hilfe. Sie wiesen auf die alten Privilegien hin, die ihnen ermöglichten, ihre Religion auszuüben. Aufgrund des Berichts des Ungarischen Statthalter-Rates reagierte der Wiener Gerichtshof mit der Entfernung der neo-baptistischen Prediger und der Installation katholischer Prediger, der Internierung von Aufrührer in Klöstern und der Vermittlung von Katechismus. Er beschlagnahmte die neo-baptistischen Bücher und ersetzte sie durch katholische. Gleichzeitig wurden alle Privilegien von Neo-Baptisten annulliert und wie andere Untertanen wurden unter das Gesetz gestellt, und dazu verpflichtet die Steuern zu zahlen. Zachariáš Walther, Tobiáš Pullman und Abraham Tscheterle wurden aus Sobotište in Klöstern interniert. Der Vorsteher Zachariah Walther, der im Mai 1763 konvertierte, widerstand am längsten. Die Neo-Baptisten, nicht nur aus Sobotište, wiesen weiterhin ab die Konvertierung einzugehen und entschieden sich für eine Massenflucht zu ihren Glaubensgenossen nach Siebenbürgen und später in die Ukraine. 30 Familien zogen aus Sobotište aus. Die erzwungene Konvertierung war nicht immer ehrlich, wie sich nach der Erteilung des Toleranzpatents im Jahr 1781 zeigte. Die Brüder glaubten, dass sich die Religionsfreiheit auch auf Neo-Baptisten bezieht. Bei einem Treffen in Sobotište im März 1782 erklärte ein Teil der Bewohner des Bruderhofes, dass sie zu dem neo-baptistischen Glauben zurückkehren würden, von dem sie unter Druck und Kampf abfielen. Der zweite Teil, der sich mit der Konvertierung identifizierte, forderte Schutz vor diesen Abtrünnigen. Einer der Hauptabtrünnigen war Jakub Walter. Zusammen mit den anderen, die zur Neo-Baptism zurückkehrten, bereitete er sich auf die Flucht in die Ukraine vor, wohin im Jahr 1770 die Brüder aus Siebenbürgen umzogen. Bis zum Ende Juni 1782 fielen etwa 80 Menschen ab, die Hälfte der Bewohner des Bruderhofes. Kaiser Joseph II. lehnte das Anliegen der Neo-Baptisten ab und warnte sie, dass er gegen die Aufrührer eingreifen würde. Bis zum Jahr 1793 zogen Dutzende von Menschen unter der Führung von Jakub Walter nach Vischenka in der Ukraine zu ihren Bekannten um.
