Novokrstenci vnímali svoje bratské dvory v biblickom duchu po vzore prvých kresťanov, kde všetci mali všetko spoločné, boli jedno srdce a jedna duša (porov. Sk 2, 44; 4, 32). Viacstupňovú hierarchickú organizáciu novokrstencov nachádzame v Schleitheimskom vyznaní z roku 1527. V roku 1540 povinnosti a postavenie služobníkov definoval Peter Riedemann vo vyznaní Rechenschaft. V rámci služby a zároveň správy najvyššie postavenými boli tzv. apoštoli alebo poslovia (Sendboten). Za nimi nasledovali „biskupi“, správcovia (Vorsteher). Im pomáhali v hlásaní, vyučovaní a kázaní služobníci Slova. Hmotné potreby a záležitosti riešili služobníci núdznej pomoci (Diener der Notdurft). Všetci títo služobníci mali k dispozícii starších, pozostávajúcich zo zrelých a v komunite rešpektovaných mužov.
Po roku 1622 sa takmer každoročne v Sobotišti konávali nové voľby služobníkov, ktorých vyberali z pomedzi osvedčených mužov. Najskôr spravidla na skúšku, ktorá trvala rok či dva, a až potom, ak sa v službe osvedčil, bol vkladaním rúk starších vyvolený za služobníka Slova. Všetky bratské dvory spolu tvorili jednu obec (Gemeinde), ktorú spravoval „biskup“ (Vorsteher). Vorsteher, podobne ako ostatní služobníci, boli ustanovení doživotne. V prípade, že by sa niektorý z nich spreneveril svojmu poslaniu, bol zosadený. Biskup bol najvyšším sudcom, správcom, vodcom a dozorcom všetkých novokrstencov. S ostatnými dvormi komunikoval písomne, prostredníctvom vyslancov alebo priamo na spoločných stretnutiach.
Na čele každého dvora stál volený duchovný predstavený označovaný ako služobník Slova (Diener am Wort, Diener im Wort alebo Diener des Wortes) či služobník Evanjelia (Diener des Evangelions). Každý z týchto služobníkov bol vyučený v nejakom remesle, ktoré vykonával aj po ustanovení za služobníka. Služobníkovi Slova vypomáhali služobníci núdznej pomoci, s ktorými koordinovali ekonomické záležitosti dvora. Poslanie služobníkov núdznej pomoci zodpovedalo diakonom v prvokresťanských komunitách.
Základom novokrsteneckej vierouky je krst dospelých ľudí, ktorí sa dobrovoľne rozhodli pre jeho prijatie. Krst nevnímali ako sviatosť, skôr to bol symbol, ktorý vyjadroval postoj učeníka, nasledovníka Krista. Bratské spoločenstvo a novokrstenecké zásady uplatňované v každodennom živote boli prirodzeným pokračovaním krstu. Večera Pána predstavovala vyvrcholenie tohto životného postoja. Najťažším trestom bolo vylúčenie z cirkvi, komunity. Cieľom bolo priviesť previnilca k ľútosti. Liturgia novokrstencov pozostávala zo spevov, čítania Písma a kázne. Rekatolizáciou anabaptistov v 18.storočí celá táto štruktúra zanikla.
