Opätovne sa bratia zo sobotištského dvora pred blížiacimi sa betlénovými vojskami uchýlili do bezpečia pod hrad Branč. Pri požiari v podhradí v októbri 1623 im zhoreli veci v hodnote tisíc zlatých a o život prišlo 31 bratov. O niekoľko dní na to dorazili do Sobotišťa osmanskí vojaci v službách povstalcov, ktorí zo sebou odvliekli dve 14-ročné dievčiny a zobrali tri kone. Od apríla do júna 1624 na moravsko-slovenskej pohraničí operovala tisícka poľských vojakov. Bratia, tak, ako ostatní obyvatelia, opustili svoje príbytky. V noci 12. 6. 1624 prepadli vojaci ich tábor pod Brančom. Relatívne pokojné obdobie trvalo do roku 1645, keď Juraj Rákoci so svojimi vojskami dva krát sa utáboril v blízkosti Sobotišťa. V obidvoch prípadoch to bratov stálo len veľa chleba, vína a piva. Po odchode vojakov sa rozšíril mor, na ktorý zomrelo koncom roka 1645 veľa ľudí. Podobne v júni 1661 museli bratia živiť nemeckých vojakov, ktorí sa presúvali cez hory. Podľa odhadov len vojenská ochrana ich stála najmenej 150 zlatých.
O dva roky neskôr počas obliehania pevnosti Nové Zámky časť osmanských vojsk podnikla lúpežné výpady, pri ktorých začiatkom septembra 1663 vtrhli na Záhorie. V skorých ranných hodinách 4. 9. 1663 prepadli mestečko Sobotište a bratský dvor. Zajali 24 ľudí a 8 zabili. Bratia prišlo o všetko obilie a múku. Zo všetkých bratských dvorov zo Slovenska zajali spolu 122 osôb. Iba 3 sa podarilo oslobodiť.
Bratský dvor okrem vojakov ničili aj viaceré povodne a požiare. Najstaršia, v kronikách zachytená povodeň, postihla novokrstencov v roku 1630. Zahynul pri nej jeden starý brat . O šesť rokov neskôr vyhorel celý dvor. Bieda bola tak veľká, že starší navrhovali opustiť Sobotište a po menších skupinách sa rozdeliť medzi ostatné bratské dvory. Svoje rozhodnutie oznámili všetkým komposesorom panstva, ktorí ich požiadali, aby zostali. Poskytli im pomoc a na dva roky ich oslobodili od všetkých poplatkov a prác. Za pomoci bratov z iných dvorov mali na zimu 1636 už celý dvor temer znovu obnovený.
O 60. rokov 17. storočia takmer každoročné výdavky na vojská spolu s ničivými povodňami v rokoch 1672, 1675 a 1678 boli hlavnými príčinami prechodu zo spoločného na súkromné hospodárenie. Celkový rozpad komunitného hospodárenia v Sobotišti nastal v 1. polovici 90. rokov 17. storočia.
