Dňa 29. júla 1546 kúpili v Sobotišti novokrstenci rozostavaný mlyn spolu s usadlosťou od zemana Klementa Pappa. Z novokrsteneckých kroník vyplýva, že novokrstenci prišli do Sobotišťa z Moravy pred rokom 1546. Bratia museli na základe zákona z roku 1548 odísť z krajiny. Zemepán Brančského panstva František Ňári im poskytol vojenskú ochranu až po hranice s Moravou. Nakoľko aj na Morave platil zákon prijímať novokrstencov, žili spolu s vyhnanými bratmi na Bakičových majetkov päť týždňov v lesoch neďaleko Rohatca. Ešte pred núteným odchodom bratov zo Sobotišťa, odkúpil F. Ňári od novokrstencov dve tretiny mlyna.
Zdá sa, že po vyhnaní novokrstencov na jeseň 1548 sa kráľovský mandát už viac uplatňoval a po niekoľkých mesiacoch sa postupne novokrstenci vracali naspäť. V roku 1551 sa už opäť spomínajú aj v Sobotišti. Účinky zákona o vyhnaní novokrstencov z Uhorska z roku 1557 pocítili sobotištskí novokrstenci 1. 9. 1557. Peter Diack (Deák), správca ňáriovských majetkov, prepadol ich dvor, okradol ich a troch bratov uvrhol do žalára. Avšak bratia zo Sobotišťa neodišli. Urobili tak až v roku 1581 a to pre nezhody so zemepánmi (12 spolumajiteľov panstva), predovšetkým so Štefanom Ňárim. Využívali ich bez toho, aby za prácu zaplatili. Ak odmietali pracovať zadarmo, zbili ich. Spor sa urovnal až po desiatich rokoch, keď sa bratia opätovne na žiadosť zemepánov vrátili do Sobotišťa.
Nepokoje a plienenie späté s protihabsburskými povstaniami a tridsaťročnou vojnou sa nevyhli ani bratským dvorom. Raz večer v roku 1602 okradla skupina vojakov sobotištských novokrstencov o kone a iné veci, v hodnote 350 zlatých. V noci 3. 5. 1605 do dvora vtrhli bočkajovci. Našťastie sa všetkým podarilo ujsť do lesa, okrem dvoch bratov, ktorých vojaci zabili. Ani v lese sa necítili bezpečne a preto sa uchýlili na hrad Branč. Vojaci zničili takmer celý dvor a tak bratia až do Juraja roku 1613 bývali v podhradí hradu. Pred presťahovaním sa späť do Sobotišťa uzavreli novokrstenci s komposesormi brančského panstva novú zmluvu.
V súvislosti s betlénovým povstaním a nepokojmi na Morave hľadali bratia zo zničených a vyrabovaných moravských dvoroch útočisko v Sobotišti. V bezpečí ale neboli ani bratia v Sobotišti. Poľskí vojaci utáborení pri Strážnici podnikli nečakaný výpad 14. 4. 1621 do Sobotišťa, kde vyrabovali domy a zabili niekoľkých anabaptistov.
Po porážke českých a moravských stavov sa pánom situácie stal panovník Ferdinand II., ktorý prikázal všetkým novokrstencom do konca októbra 1622 opustiť Moravu. Sobotište sa stalo novým centrom novokrstenectva a to až do násilnej rekatolizácie začiatkom 60. rokov 18. storočia.
